Passer en SEL quand on est médecin déjà installé : que devient la SCM, la patientèle et les contrats ?

Un médecin déjà installé, seul ou en société civile de moyens (SCM), peut vouloir passer en SEL pour structurer son exercice. Avant la bascule, il faut organiser trois choses. D’abord, ce qui est transmis à la nouvelle société : patientèle, contrats, matériel. Ensuite, l’inscription de la SEL au tableau de l’Ordre — condition de son existence légale. Enfin, le chiffrage fiscal de l’opération avec l’expert-comptable. AVITY accompagne régulièrement ce type d’opérations pour des praticiens installés en Gironde et au-delà, en lien avec l’expert-comptable de chaque praticien.

Passer en SEL seul, ou avec une SCM : dans quels cas le projet se justifie

La SEL peut avoir un intérêt pour un médecin qui exerce déjà seul, pour un médecin en SCM qui veut structurer l’exercice en commun, ou dans la perspective d’une association ou d’une transmission à venir. Ce sont des situations possibles, pas des conditions obligatoires pour justifier la structure. En revanche, pour un praticien seul, satisfait de son organisation actuelle et sans projet à court terme, la complexité et le coût d’une SEL (comptabilité propre, formalisme, cotisation ordinale spécifique) ne se justifient pas toujours immédiatement. C’est donc la première question à trancher avec votre avocat, en amont de la constitution et de l’organisation de la société.

SCM et SEL : deux outils, pas une évolution automatique

Une confusion revient souvent : une SCM ne se « transforme » pas en SEL, car ce sont deux structures aux fonctions différentes. La SCM mutualise des moyens — locaux, matériel, secrétariat — entre praticiens qui conservent chacun leur exercice individuel et leur patientèle propre. La SEL, elle, porte l’exercice professionnel lui-même et perçoit les honoraires en son nom.

Selon l’organisation retenue, les deux peuvent d’ailleurs coexister : une SCM qui continue de porter les moyens partagés, une ou plusieurs SEL qui portent l’exercice de chaque praticien ou d’un groupe de praticiens. La question à trancher est donc : qui détiendra les parts de la SCM, et qui continuera à en utiliser les moyens, une fois la SEL constituée ?

Ce qu’il faut organiser avant de passer en SEL : le tableau des décisions

Chaque situation dépend des actes déjà en place. Aucune de ces questions n’a de réponse automatique ; c’est le travail d’analyse qui précède la rédaction des statuts de la SEL.

Les points à trancher, un par un

Avant le passage	Décision à prendre	Risque si le point est oublié
Médecin membre d’une SCM	Qui détiendra les parts de la SCM, et qui utilisera ses moyens, une fois la SEL constituée ?	Désaccord entre associés ou montage juridiquement incohérent entre SCM et SEL
Contrat avec une clinique, ou bail signé personnellement par le praticien	Ce contrat peut-il être repris par la SEL, et avec quel accord du cocontractant ?	La SEL est constituée mais ne dispose pas de tous les éléments nécessaires à l’exercice
Matériel et éventuels salariés déjà en poste	Transfert à la SEL, mise à disposition, ou maintien au sein de la SCM ?	Incertitude sur l’employeur réel, risque en droit du travail
Contrat de crédit-bail sur le matériel médical	Le crédit-bailleur accepte-t-il un transfert à la SEL, ou faut-il un nouveau contrat ?	Matériel financé par un contrat au nom d’une structure qui n’exerce plus
Assurance de responsabilité civile professionnelle	La police doit-elle être souscrite au nom de la SEL, en plus ou à la place de celle du praticien ?	Défaut de couverture au moment précis de la bascule d’activité
Patientèle	Quels éléments de l’activité individuelle sont apportés ou cédés à la SEL, et comment s’organise concrètement la poursuite de la prise en charge des patients ?	Une plus-value professionnelle peut être constatée sans avoir été anticipée fiscalement
Plusieurs médecins aux activités ou volumes différents	Comment fixer la répartition des revenus, des charges et des décisions communes ?	Tensions dès les premiers mois d’exercice en commun
Projet d’entrée d’un nouvel associé, ou de départ à terme	Comment valoriser une entrée et organiser à l’avance une sortie ? Faut-il une clause de non-réinstallation prévue dans un pacte d’associés ?	Négociation difficile une fois l’activité déjà mise en commun

Le calendrier pour passer en SEL

Le point le plus souvent sous-estimé : la loi soumet la SEL de médecins à une condition suspensive, son inscription au tableau de l’Ordre (article R. 4113-4 du Code de la santé publique). Résultat concret : l’immatriculation au registre du commerce et des sociétés ne peut intervenir qu’après cette inscription, pas avant. Le calendrier doit donc s’organiser autour de cette étape centrale, plutôt qu’autour de la seule immatriculation :

• Analyse préalable : cartographie des contrats, du bail, du matériel, des salariés et des parts de SCM existantes (voir le tableau ci-dessus), et rédaction des statuts.
• Négociation de la reprise des contrats identifiés (bail, crédit-bail, assurances et autres contrats liés à l’exercice) : leurs conditions de reprise et l’accord des cocontractants doivent être vérifiés avant de fixer la date de bascule, pas après.
• Dépôt au greffe du tribunal de commerce de la demande et des pièces nécessaires à l’immatriculation ultérieure. Ce dépôt donne lieu à une attestation, l’une des pièces exigées avec les statuts pour le dossier d’inscription à l’Ordre.
• Demande d’inscription au tableau de l’Ordre, adressée au Conseil départemental (statuts, attestation de dépôt au greffe, justificatifs d’inscription de chaque associé). Le Conseil dispose en principe de trois mois à compter d’un dossier complet pour statuer.
• Immatriculation effective de la SEL au RCS, une fois l’inscription ordinale obtenue — la condition suspensive est alors levée.
• Entrée en vigueur des contrats repris et transmission des actes à l’Ordre dans le délai légal d’un mois après leur signature — une obligation distincte de la demande d’inscription initiale.

C’est cet enchaînement, condition suspensive comprise, qui détermine la date à laquelle la SEL peut réellement commencer à exercer — pas la seule date de signature des statuts. Ce contrôle ordinal n’a d’ailleurs rien d’anecdotique à l’échelle locale : toutes formes d’exercice confondues, la commission des contrats de l’Ordre de Gironde a examiné 732 contrats d’exercice et plus de 700 avis ou études préalables en 2024. Mieux vaut donc, par exemple, préparer ces dossiers en amont, plutôt que de les soumettre a posteriori.

Coûts et fiscalité pour passer en SEL

La rémunération des associés

Selon la doctrine administrative applicable aux rémunérations perçues depuis 2024, un associé de SEL relève en principe des bénéfices non commerciaux (BNC) pour la rémunération de son activité libérale. Exception notable : un lien de subordination caractérisant une activité salariée change cette qualification.

Il faut toutefois distinguer cette rémunération technique de celle perçue au titre d’un mandat social (gérance, présidence), qui suit un régime distinct. Pour un gérant majoritaire en particulier, mieux vaut chiffrer individuellement cette répartition avec l’expert-comptable du praticien, plutôt que la présenter comme acquise.

La plus-value sur l’apport de la patientèle

Lorsqu’un médecin apporte son activité individuelle à la SEL, cet apport peut constater une plus-value professionnelle. Sous les conditions de l’article 151 octies du Code général des impôts, l’imposition de la plus-value afférente aux éléments non amortissables — dont la patientèle — peut être reportée. L’apporteur et la société exercent conjointement cette option dans l’acte d’apport.

Quand le report prend-il fin ?

Plusieurs événements ultérieurs peuvent mettre fin à ce report : la cession, le rachat ou l’annulation des titres reçus en contrepartie, mais aussi la cession des éléments apportés par la société elle-même, si elle intervient avant. Autre condition à vérifier : l’opération doit porter sur une entreprise individuelle ou une branche complète d’activité, pas sur des éléments isolés.

C’est donc un mécanisme favorable, mais dont l’éligibilité et la durée dépendent de plusieurs paramètres à vérifier avant l’acte, pas après. Si vous envisagez à terme une SPFPL, le maintien de ce report dans la durée mérite une analyse dédiée avec votre avocat.

La cotisation ordinale des sociétés en 2026

Le Conseil national de l’Ordre des médecins a fixé, pour 2026, la cotisation des SEL et des SPFPL à 1,5 cotisation (365 € l’unité) par médecin associé, qu’il exerce ou non au sein de la structure. Concrètement, cela représente 547,50 € pour un seul associé, 1 095 € pour deux, ou 2 190 € pour quatre. C’est donc un élément à intégrer dans le chiffrage d’un projet à plusieurs associés, avant la constitution plutôt qu’après réception du premier appel de cotisation. Ce barème récent fait par ailleurs l’objet de contestations par plusieurs syndicats médicaux, et pourra faire l’objet d’une mise à jour de cet article.

Vous vous associez pour la première fois ?

Cet article s’adresse à un praticien déjà installé, seul ou en SCM, qui envisage de passer en SEL. Si vous constituez un groupement pour la première fois, la question à trancher est différente. Il faut alors choisir entre partager seulement des charges (SCM), exercer en commun au sein d’une même structure (SEL), ou construire un exercice coordonné pluriprofessionnel avec accès à des rémunérations collectives spécifiques (SISA). La SISA répond en effet à un projet de coordination précis, pas à toute installation regroupant plusieurs professions de santé. Ce choix initial mérite donc sa propre analyse.

Foire aux questions

Peut-on passer en SEL dès la signature des statuts ?

Non. La loi soumet la SEL à une condition suspensive : son inscription au tableau de l’Ordre. Son immatriculation, et donc le début effectif de son exercice, n’intervient qu’une fois cette inscription obtenue.

Une SCM doit-elle être dissoute au moment du passage en SEL ?

Non, pas nécessairement. La SCM peut continuer à porter les moyens partagés pendant que la SEL porte l’exercice professionnel — la question à trancher est l’articulation entre les deux structures, pas la disparition de l’une au profit de l’autre.

La patientèle peut-elle être transmise automatiquement à la SEL ?

Non. Il faut qualifier son mode de transmission selon la situation de chaque praticien : l’apport de patientèle constate en principe une plus-value, dont il faut anticiper le sort fiscal sous réserve des conditions de l’article 151 octies du CGI.

La fiscalité change-t-elle automatiquement en faveur du praticien ?

Non. Le régime BNC applicable à la rémunération technique depuis 2024 doit être chiffré au cas par cas avec l’expert-comptable, en particulier pour un gérant majoritaire.

Conclusion

C’est la préparation d’ensemble, plus que le choix initial entre les structures, qui détermine si la bascule se fait sans désorganiser le cabinet ni retarder le début d’exercice de la SEL.